Sau những sự kiện xảy ra trong phần trước,thế giới vẫn bị tàn phá bởi đại dịch Virus-T.Bốn năm sau,Alice ( Milla Jovovich) và các nhân bản cố tìm và giết cho bằng được Alber Wesker (Shawn Roberts)tại căn cứ của trụ sở Umbrella ở Tokyo.Nhưng Wesker trốn thoát được và rời khỏi thành phố trước khi cho nổ. Toàn bộ phiên bản nhân tính của Alice đã bị tiêu diệt nhưng bản thật vẫn ở trên máy bay của Wesker.Trong 1 phút sơ suất,Wesker đã tiêm vào người Alice một loại huyết thanh tiêu diệt sức mạnh của Virus-T.Alice giờ đây đã trở thành một người bình thường.

Trong lần đến Arcadia ở Alaska, Alice đã gặp Claire Redfield bằng một cuộc tấn công. Sau cuộc giao chiến, Alice phát hiện Claire đã mất toàn bộ trí nhớ và đang mang trên mình thiết bị kiểm soát do Umbrella cài đặt. Cùng nhau, họ tìm đến một nhà tù quân sự lại Los Angeles, tại đây họ gặp thêm một chiến hữu mới Chris Redfield (Wentworth Miller) đồng thời cũng phải đối mặt với hiểm họa mới, quái vật The Executioner.

Khi tìm được đến tàu Arcadia, họ thấy Wesker cùng với những xác chết, ông ta đã giết người để ăn AND của họ để tồn tại vì giờ đây ông cũng đã bị nhiễm virus T. Alice đã đánh bại được ông ta, Wesker trước khi bỏ chạy đã kích hoạt quả bom nhưng Alice đã giấu nó trên máy bay của mình.Ho cứu được khoảng 1000 người sống sót.