Phim Thánh Mẫu Mã Tổ Kinh Hà Long Vương đảm nhận nhiệm vụ làm cho mưa thuận gió hòa cho nhân gian, nhưng ngày đêm chỉ đắm chìm trong tửu, sắc nên sai đệ tử là Tiểu Long nữ thay mình thực hiện nhiệm vụ, rủi thay là ông ta truyền lệnh không chính xác nên Tiểu Long Nữ ban mưa gọi gió nhầm chỗ khiến dân gian một phen bị thiên tai hoành hành dữ dội.

Nhận lệnh của Ngọc Hoàng, Thánh mẫu Mã Tổ cùng 2 đồ đệ là Thiên Lý Nhãn và Thuận Phong Nhĩ tìm đến cung long vương bắt ông ta về thiên đình trị tội. Bất tuân thượng lệnh, Kinh Hà long vương quyết chống trả đến cùng, thừa lúc Thánh Mẫu bận cứu thiếu phụ Ngọc Phụng, vợ của tử tù oan sai Hoàng Văn Sơn, đang bị quan binh bắt thả trôi sông, Long vương trốn thoát và ẩn tu luyện tà thuật ở chốn nhân gian với cái tên Diệu Thông chân nhân, chờ thời cơ thống lĩnh thiên hạ.

Còn Thánh Mẫu, do để Kinh Hà long vương chạy trốn nên phải cùng 2 đệ tử hạ phàm cải trang làm người phàm hành y cứu nhân độ thế trong khi dò tìm tung tích long vương bắt về thiên đình trị tội.

Chốn nhân gian, do không được sử dụng phép thuật nhiều để tránh bại lộ thân phận nên ba thầy trò Thánh Mẫu nhiều phen gặp nạn do thủ đoạn tàn ác, bất chấp thủ đoạn của Kinh Hà long vương, lại thêm bị cuốn vào vòng xoáy tranh giành quyền lực của hoàng gia mà đại diện là Tam hoàng tử và Nhị hoàng tử, cuộc truy diệt kẻ ác của ba thầy trò Thánh Mẫu ngày càng gặp nhiều khó khăn, trở ngại.