Câu chuyên trong Basilisk kể về mối thù sâu đậm kéo dài 400 năm của gia tộc Iga và gia tộc Kouga. Nhờ vào giao ước đình chiến Hanzo Hattori mà giữa hai gia tộc đã không xảy ra chiến tranh đẫm máu. Thế nhưng, dưới lệnh của Shogun Tokugawa leyasu, giao ước ấy đã bị hủy bỏ. 10 nhẫn giả ở mỗi tộc bước vào một cuộc tử chiến để quyết định xem ai sẽ là Shogun Tokugawa tiếp theo.

Gia tộc chiến thắng sẽ cai trị trong 1000 năm tới. Nhưng không phải ai cũng đồng ý với điều này, Oboro của gia tộc Iga và Gennosuke của gia tộc Kouga đã yêu nhau say đắm giữa thời cuộc đổ máu này. Liệu tình yêu của họ có chấm dứt được mối hận hù hàng mấy thế kỉ này không? Hay số phận của tình yêu ấy là cái chết? Câu chuyện trong Basilisk: Ouka Ninpouchou lấy bối cảnh là 10 năm sau sự kiện phần đầu.