Hành Tinh Khỉ: Vương Quốc Mới kịch bản lấy bối cảnh vài trăm năm sau cái chết của Caesar, chú khỉ lãnh đạo đồng loại trong cuộc xung đột với lực lượng quân đội loài người. Thời điểm này, con người mắc loại virus lạ từ bệnh cúm khỉ, bị thui chột trí thông minh. Họ phải sống chui lủi trong bóng tối, chỉ số ít giữ được khả năng tư duy.

Các loài khỉ thống trị thế giới, chia thành nhiều tộc ở những lãnh địa riêng. Noa (Owen Teague) là tinh tinh trẻ sống bình yên cùng gia đình tại ngôi làng nhỏ. Một ngày, bộ tộc của cậu bị tay sai của Proximus Caesar (Kevin Durand) tấn công. Proximus là một tinh tinh chuyên bắt nhốt giống loài làm nô lệ, để phục vụ mưu đồ thống trị bằng công nghệ con người để lại. Trên đường giải cứu bộ lạc, Noa gặp cô gái Mae (Freya Allan), hiểu sâu hơn về nền văn minh loài người bị lãng quên nhiều thế kỷ trước.