Em Gái Đến Từ Tương Lai từ một cậu bé bướng bỉnh được cưng chiều nhất gia đình, Kun bỗng thấy vị trí của mình bị lung lay khi em gái cậu – Mirai, ra đời. Đố kỵ xen lẫn tủi thân, cậu bé 4 tuổi cảm thấy tình thương của bố mẹ dành cho mình bị giảm sút và cậu hoàn toàn bị choáng ngợp với việc phải trở thành một người anh. Mọi thứ dường rắc rối hơn khi Kun tình cờ phát hiện ra một cánh cổng kỳ lạ nơi đưa cậu đến gặp mẹ mình lúc bà còn là một cô bé và em gái mình – Mirai lại là một học sinh tuổi teen. Trải qua rất nhiều cuộc phiêu lưu, liệu Kun có dần thay đổi bản thân và học được cách trở thành một người anh trai đúng nghĩa?